Etter 1941 var mordet på de funksjonshemmede ikke lenger sentralt organisert fra Berlin, og gassingen opphørte. Drapene stanset imidlertid ikke. Lokale helsemyndigheter tok over drapsprogrammet, og så mange som 130.000 nye ofre kan ha mistet livet ved ulike institusjoner omkring i Tyskland. I løpet av de resterende krigsårene døde funksjonshemmede og syke ved disse institusjonene av vanskjøtsel, utsulting, epidemiske sykdommer og giftsprøyter.
