En del kristne nektet å delta i de væpnede styrkene eller deserterte. Det oppsto stridigheter idet militære og sivile myndigheter sporet opp desertører. Ved Zeitoun sto de første slagene mellom armenerne og tyrkiske militære. Noen steder hadde desertørene vendt tilbake til sine hjem, og politiet jaget dem der fra hus til hus. Noen steder fant myndighetene våpen, og det påstås også dynamitt og bomber.
I april skjedde det en åpen konfrontasjon i Van - som har armensk majoritet - mellom tyrkiske tropper som hadde beleiret de armenske bydelene og den armenske befolkningen (se bilde). Fra da av var regjeringen overbevist om at et generelt opprør blant armenerne hadde brutt ut. For å hindre spredning besluttet regjeringen da å deportere - tvangsforflytte - hele den armenske befolkningen. De startet med de østre provinsene i mai, og fortsatte siden i provinsene lengre vest.