Grekerne var sjelden gjenstand for forfølgelser under første verdenskrig, men ble hardt rammet i perioden mellom krigens slutt og erklæringen av republikken i 1923. Særlig hardt ble vestkysten av Anatolia rammet. Den greske hæren hadde okkupert kysten mot Egeerhavet, men sommeren 1922 fikk den tyrkiske nasjonalisthæren overtaket over de greske styrkene. Den kosmopolitiske byen Izmir (grekerne kalte den Smyrna) ble hardt rammet i slaget, og store deler av byen ble ødelagt i brann. Samtidig ble den greske befolkningen brutalt tvunget vekk. Mange ble drept, men noen overlevende ble reddet av britiske og franske krigsskip.
Som følge av Tyrkias seier over Hellas ble det underskrevet en fredsavtale i Lausanne. Avtalen inneholdt en bestemmelse om et «befolkningsbytte», i praksis etnisk rensing, i bestemte områder. Tyrkere bosatt i Hellas (ca. 400 000) ble tvunget til å utvandre til Tyrkia, mens grekere bosatt i Tyrkia skulle utvandre til Hellas. Dette rammet særlig de rundt en million grekere som bodde langs kysten av Svartehavet, de såkalte pontiske grekerne. Prosessen skulle overvåkes internasjonalt, men særlig utvandringen av de pontiske grekerne skjedde i meget brutale former og med et ennå ukjent antall dødsofre. 1 250 000 grekere måtte forlate Tyrkia.
