Våren 2003 rettet de to opprørssstyrkene i Darfur JEM og SLA flere vellykkede angrep mot politistasjoner og militære mål i Darfur. De erobret blant annet flyplassen i regionhovedstaden El Fashir, og fram mot sommeren fikk de kontroll over store deler av Nord-Darfur og Jebel Marra. Sudans hær tok opp kampen mot opprørerne, men lyktes dårlig. Angrepet kom overrumplende på regjeringen og de hadde for få soldater i området til å stoppe opprørerne.
Justice and Equality Movement (JEM)
Organiseringen av opprørstyrker i Darfur startet på begynnelsen av 2000-tallet. Publiseringen av Den svarte boken satte situasjonen i Darfur på dagsorden i Sudan. Boka påpekte at landsdelen var blitt forsømt av myndighetene i Khartoum. Kretsen som stod bak denne boken, dannet den islamske opprørsgruppen Justice and Equality Movement (JEM). Opprinnelig var de omkring 100 personer som var inspirert av Hassan al-Turabis islamisme. Men bevegelsen vokste raskt og etablerte en god organisasjon med et bevisst politisk lederskap.
Sudan Liberation Army / Movement (SLA/M)
Omtrent på samme tid ble en opprørsgruppe uten noen spesiell religiøs base dannet. Gruppen ville bekjempe den arabiske rasistiske politikken som den mente ble ført av myndighetene i Khartoum. I 2003 tok organisasjonen navnet SLA/M, Sudan Liberation Army / Movement, tydelig inspirert av opprørsbevegelsen SPLA/M i Sør-Sudan.
Myndighetene slår tilbake
Våren 2003 slo de to opprørsbevegelsene seg sammen, og lyktes dermed med å drive Sudans hær tilbake. Regjeringen bestemte seg da for å bruke lokale bander kalt janjawid for å slå ned opprøret. De satt i gang en aktiv rekruttering og organisering av unge menn fra arabiske grupper og etterkommerne av den arabiske liga. Formålet var å ødelegge landsbyene der opprørene kom fra i en planlagt aksjon sammen med hæren, flyvåpen og lokale myndigheter. Dette var den samme metode myndighetene hadde brukt mot SPLA og befolkningen i sør.
Myndighetene tilbød lederne for janjawid god lønn og våpen mot at de hjalp til med å fjerne grunnlaget for motstanden i Darfur. Militsen skulle også få støtte av Sudans hær og luftforsvar. I tillegg til lønnen kunne de beholde så mye de klarte å rane fra landsbyene de angrep. Sist, men ikke minst, ble de lovet straffefrihet. Myndighetene ville rett og slett se gjennom fingrene på alt som skjedde av overgrep og mishandling.
