Folkemordet i Rwanda førte til en strøm av flyktninger både i Rwanda og i nabolandene. Omkring 2 millioner hutuer flyktet etter som tutsienes motstandshær RPF rykket inn i landet. De fleste ble plassert i flyktningleire i Kongo.
Tutsier som hadde flyktet fra folkemordet, vendte ganske snart tilbake til Rwanda. Etter noen måneder var antallet tutsier i landet nesten det samme som før folkemordet.
Etter folkemordet sto Rwanda overfor store problemer. Folkemordet bidro til at Rwanda ble det fattigste landet i verden. Hele befolkningen var berørt av det som hadde skjedd. Den nye regjeringen forbød ordene hutu og tutsi, og bestemte at alle i landet skulle være rwandesere. Likevel er splittelsen mellom folkegruppene stor.
Over 100 000 personer ble fengslet og anklaget for folkemord og krigsforbrytelser. De fleste av disse er fortsatt ikke dømt.
