Regjeringsstyrkene og hutumilitsen trakk seg tilbake etter som opprørstyrken RPF rykket inn i Rwanda i juli 1994. Opprørerne tvang også lokalbefolkningen til å flykte. I løpet av få måneder flyktet en halv million hutuer over grensene til Tanzania, Burundi og Kongo.
De fleste av flyktningene ble plassert i seks store flyktningeleire i Kongo. Kongolesiske soldater skulle ta våpnene fra flyktningene i det de passerte grensen. Det ble ikke gjort. Dermed kunne tidligere medlemmer av Rwandas hær og Interahamwe ta kontroll over leirene. De hindret folk i å reise tilbake til Rwanda.
Forholdene i flyktningleirene var svært dårlige, og mange flyktninger døde av sykdommer som kolera og dysenteri. Både folkemordet og flyktningkrisen i etterkant skapte uro i regionen og var med på å gi støtet til borgerkrig i Kongo.
