6. april 1994 var Rwandas president Habyarimana på et møte i Dar es Salaam for å diskutere gjennomføringen av fredsavtalen som var inngått i Arusha. Han reiste sammen med presidenten i nabolandet Burundi, som også var hutu. På vei hjem ble flyet deres truffet av en luftvernrakett. Begge presidentene døde. Sammen med drapet på den forrige presidenten i Burundi året før var dermed tre hutupresidenter drept i løpet av kort tid. I propagandaen ble dette brukt som bevis på hvor farlige tutsiene var.
Det er fortsatt usikkert hvem som var ansvarlig for nedskytingen av flyet til Habyarimana. En mulighet er at det var hutuledere tilknyttet Akazu, kretsen rundt presidentens kone, som stod bak, og at de brukte hendelsen som påskudd for å starte angrepet på tutsiene. Mer sannsynlig er det at det var tutsienes opprørstyrke RPF som var ansvarlige. Den politiske og militære ledelsen i Kigali hevdet fra første stund at det siste var riktig. De så nedskytingen som et bevis på at tutsiene var en alvorlig trussel mot hutuene, og at tiden derfor var inne til å gjennomføre planen om å utslette dem. Enten dreper vi dem, eller de dreper oss, tenkte de. Med dette som begrunnelse innledet de et av de mest brutale folkemordene i nyere tid.
Drapene starter
Bare noen timer etter flystyren startet drapene på politiske motstandere i Kigali. Myndighetene hadde allerede lister klare med navnene på ledere og viktige personer som kunne tenkes å støtte RPF. Både hutu- og tutsipolitikere fra opposisjonen drept. Målet med denne delen av aksjonen var å fjerne alle som kunne tenkes å protestere mot myndighetene, uavhengig av hvilken folkegruppe de tilhørte. Statsminister Agathe Uwilingiyimana ble drept, sammen med en rekke andre politikere.
Omtrent samtidig som myndighetene satte i gang disse drapene, mobiliserte de hæren og militsen Interahamwe til en drapsaksjon mot alle tutsier i landet. Alle veiene i Kigali ble sperret av. Folk som prøvde å flykte, ble stoppet ved sperringene. De måtte vise fram identitetskort hvor det stod om de var hutu eller tutsi. De som ble avslørt som tutsier, ble ofte drept på stedet. Hvis flyktningene ikke hadde identitetskort, ble de vurdert etter utseende. Dermed kunne en lav tutsi ha større sjanse til å overleve enn en høy hutu.
Drapsbølgen spredte seg etter hvert til hele Rwanda. I løpet av de neste 100 dagene ble om lag 90 % av tutsiene i landet utryddet. Omkring 50 000 hutuer ble også drept, de fleste fordi de ble sett på som forrædere, noen fordi de ble tatt for å være tutsier.
