Militarisering og borgerkrig, 1990 - 1994

Etter invasjonen i 1990 økte frykten for opprørsstyrken RPF blant hutuene i Rwanda. Politikerne og militære lederne med tilknytning til Akazu hevdet at RPF planla folkemord på alle hutuene i landet dersom de klarte å erobre makten. De mente at myndighetene måtte komme angriperne i forkjøpet ved å utrydde alle støttespillerne deres i Rwanda. Det betydde at de ønsket å drepe tutsier som kunne komme til å støtte RPF eller som hadde innflytelsesrike posisjoner i samfunnet. De mest ekstreme mente at alle tutsier, selv kvinner og barn, kunne være støttespillere for RPF. For å forsvare hutuene i landet måtte man derfor utrydde alle tutsier.

De ekstreme hutulederne brukte altså trusselen om folkemord som begrunnelse for selv å planlegge folkemord, omtrent på samme måte som nasjonalistiske serbere gjorde det på slutten av 1980-tallet.

For å kunne forsvare seg mot RPF ville myndighetene styrke Rwanda militært. I løpet av ett år ble antallet soldater i hæren tredoblet. I tillegg startet myndigheten en omfattende organisering av selvforsvarsgrupper rundt om i landet. Medlemmene i disse gruppene fikk kamptrening og våpen så de skulle kunne forsvare hjemstedet sitt.

Interahamwe og andre militsgrupper
Habyarimana innførte flerpartisystem i 1990 etter press fra det internasjonale samfunnet. De nye politiske partiene bidro også til militariseringen av samfunnet. Hvert parti hadde sine ungdomsgjenger, som etter hvert gikk over til å være væpnede militser. Den mest kjente av disse var Interahamwe, ungdomsgruppen som var tilknyttet presidentens parti. Navnet står for de som arbeider og angriper sammen. Interahamwe var godt organisert og fikk stor oppslutning. Medlemmene fikk opplæring i våpenbruk og i mange tilfeller lærte de også drapsteknikker.

Utover på 1990-tallet deltok Interahamwe og andre ungdomsmilitser i flere voldelige angrep på tutsier. Det verste angrepet før selve folkemordet skjedde i mars 1992. Radio Rwanda hadde spredt rykter om at tutsiene ville drepe en rekke hutuledere. Som svar organiserte myndighetene en mordaksjon mot tutsier i den sørøstre delen av landet. Medlemmer av Interahamwe kom fra hovedstaden Kigali for å ta del i massakren. En del soldater deltok også. Massakren varte i 5 dager. Mennesker ble brent, hakket i hjel, skutt eller begravd levende. Mange kvinner ble voldtatt og noen menn fikk penisen skåret av. Regjeringen nektet at de var involvert i planleggingen av massakren, og forklarte det hele som selvforsvar fra den lokale befolkningen. Likevel ble ingen straffet etter massakrene. Dermed sendte myndighetene et signal til folk om at blodbad som dette akseptabelt.

Nytt angrep på Kigali
I februar 1993 gikk Rwandas patriotiske front (RPF) til angrep på Rwanda igjen. Dette angrepet var mer vellykket enn angrepet i 1990, og RPF erobret en del områder nord i landet. Flere hundre personer ble drept under kampene, og omkring 1 million hutuer ble drevet på flukt.

Store flyktningleire ble opprettet lengre sør i landet. Forholdene i leirene var dårlige, og mange døde av sult og sykdom. Arbeidsløsheten blant flyktningene var svært høy, og frustrasjonen vokste. Blant ungdommene i flyktningleirene vokste det fram et intenst hat mot soldatene i RPF. Myndighetene spilte på disse følelsene for å skape hat mot alle tutsier, kvinner og barn like fullt som menn, sivile så vel som soldater.

Interahamwe og de andre militsene fikk økt tilslutning blant flyktningene og andre som var blitt skremt av RPFs angrep. Ett år senere, like før folkemordet startet, hadde militsene til sammen omkring 50 000 medlemmer. Det var disse personene som stod for de fleste drapene under folkemordet.