Invasjon fra tutsienes motstandsstyrker, 1990

Den største gruppen av tutsier som hadde flyktet fra Rwanda i årene etter frigjøringen, bodde i Uganda. Habyarimana ville ikke slippe dem inn i landet igjen. I 1987 startet noen av disse tutsiene en motstandsorganisasjon som de kalte Rwandas patriotiske front (RPF). RPF ønsket å ta makten i Rwanda med militære midler.

1. oktober 1990 gikk noen få tusen RPF-soldater over grensen til Rwanda fra Uganda i nord. Mange hutuer ble jaget på flukt, og lokale myndighetspersoner ble tatt til fange. Rwandas hær stoppet invasjonen et godt stykke utenfor hovedstaden Kigali.

I Kigali kunne man likevel høre skyting og flyalarm om morgenen 4. oktober. Det viste seg imidlertid at det ikke var noen fare. Angrepet var arrangert av Habyarimana for å skape frykt for opprørerne og samtidig få franskmennene til å gripe mer direkte inn.

Frykt blant hutuene
Både selve angrepet og Habyarimanas falske angrep på Kigali skapte frykt blant hutuer. Mange var redde for at nye angrep fra RPF skulle lykkes, og hutuledere og medier spredte rykter om at hutuene i så fall ville bli mishandlet, drept eller fordrevet. Militariseringen og brutaliseringen i årene som fulgte ble dermed oppfattet som nødvendig forsvar mot tutsiene.

Frykten for RPF gjorde at Habyarimana fikk større oppslutning. Han benyttet invasjonen som unnskyldning for å undertrykke de rike og de intellektuelle blant tutsiene. Hutuer som ikke støttet presidenten, ble sett på som forrædere og undertrykt.