Allerede rett etter Rwandas frigjøring samlet noen tutsisoldater seg i nabolandet Burundi for å angripe den nye huturegjeringen i Rwanda. Geriljaen ble kalt inyenzy, som betyr kakerlakker på kinyarwanda, språket til både hutuer og tutsier. I løpet av to år gjorde geriljaen flere forsøk på å trenge inn i Rwanda fra basene sine i Burundi.
Massedrap på tutsier
Angrepene fra tutsisoldatene førte til hevnaksjoner fra myndighetene i Rwanda. Tutsier som ble mistenkt for å samarbeide med opprørerne, ble drept. Aksjonene ble startet av den lokale administrasjonen, men det var folk fra ulike selvstendige hutugrupper som deltok og gjennomførte massakrene. Mellom 10 000 og 14 000 mennesker ble brutalt myrdet og rundt 200 000 ble jaget på flukt. Massakrene fikk oppmerksomhet i vestlig presse, og flere journalister trakk paralleller til massedrapene under 2. verdenskrig.
Undertrykkelsen og massedrapene betydde slutten for tutsienes deltakelse i rwandesisk politikk.
Massedrap på hutuer i Burundi
I Burundi var tutsiene i mindretall slik som i Rwanda, men tutsiene kontrollerte de militære styrkene. Utover på 1960-tallet forsøkte opprørstyrker av hutuer flere ganger å erobre makten i Burundi. Hver gang ble opprørerne slått tilbake.
Myndighetene hevnet opprørene med massedrap på hutuene i landet. Mellom april og august 1972 drepte soldater fra hæren mellom 100 000 og 200 000 hutuer, de fleste personer i offentlige posisjoner, velutdannete og velstående hutuer. Alle hutuene i regjeringen ble drept, alle offiserer som var hutuer, halvparten av alle landets skolelærere og flere tusen myndighetsansatte ble drept. Nesten alle ledende hutuer i Burundi ble utryddet.