Overlevende hereroer fikk beskjed i desember 1904 om at de som overgav seg frivillig, skulle vises nåde. De ble hentet ut av ørkenen og samlet i leirer i regi av misjonsselskapene, og mange håpet nok å få vende tilbake til sine gamle bosteder og fortsette sitt vanlige liv. Det de ikke visste var at den tyske rikskansler Bernhard von Bülow hadde bestemt at alle skulle plasseres i fangeleire, og for første gang ble ordet Konzentrationslager brukt på tysk.
Fangeleirene var ikke bare for dem som ble beskyldt for å ha deltatt i opprøret mot kolonimakten. Ordren gikk isteden ut på at alle hereroer, uansett alder og kjønn, skulle interneres bare fordi de tilhørte en nærmere angitt etnisk gruppe. Etter hvert fikk de følge av folk fra namatalende grupper. Til sammen ble over 15 000 mennesker internert, og mer enn halvparten av dem mistet livet. De var stuet tett sammen under kummerlige forhold, og de knappe matrasjonene førte til underernæring og sykdommer. To tredeler av fangene var kvinner og barn. Særlig høy var dødeligheten på fangeøya Shark Island utenfor Lüderitz i sør, her var det ikke mange som slapp fra det med livet i behold.
Medisinske raseeksperimenter
En stor del av fangene ble satt til tvangsarbeid på militære anlegg, eller de ble brukt til å bygge jernbaner og utføre arbeid i gruver og på tyske storgårder. Midt i hovedstaden Windhoek var det en egen leir for kvinner som ble seksuelt misbrukt av tyske soldater. Levende og døde afrikanere ble også utsatt for medisinske eksperimenter, der hensikten var å bevise at de tilhørte en laverestående rase. Hoder av halshogde afrikanere på Shark Island ble sendt som "forskningsobjekter" til tyske universiteter.
