I de neste ukene fulgte en nådeløs menneskejakt. Tyske styrker sørget for at folk på flukt ble sperret inne i ørkenen, der ubevæpnete menn, kvinner og barn bukket under for tyske kuler eller mistet livet som følge av sult, tørst og sykdommer. Kolonitroppene samlet seg rundt vannpostene, dit desperate afrikanere søkte i jakt på noen dråper til seg selv og sine husdyr. Noen få tusen overlevde flukten til den andre sida av grensa mot den britiske kolonien Bechuanaland (dagens Botswana), men de fleste fant sin grav i sanddynene.
Von Trotha beordret sine styrker til å fortsette kampene lenge etter at den militære motstanden var knust. Hans krigsmål var ikke lenger begrenset til å slå ned en væpnet oppstand, nå handlet det åpenbart om å utrydde en hel folkegruppe eller å fordrive dem fra kolonien. 2. oktober utstedte han en erklæring - i ettertid kjent som Vernichtungsbefehl - om at hereroer ikke lenge var tyske undersåtter, og at de som ble påtruffet - menn, kvinner og barn - skulle skytes eller drives videre inn ørkenen. Noen dager etter gjorde han det klart at det skulle siktes over hodene på kvinner og barn for å drive dem på flukt. I praksis ville det si det samme som å dømme dem til å dø av tørst og sult.
For von Trotha spilte det liten rolle om det var tyske bønders arbeidskraft som ble tilintetgjort. Han så konflikten i et større perspektiv, og skrev i flere rapporter at det handlet om intet mindre enn en rasekrig (Rassenkampf) som alle europeiske kolonimakter før eller seinere ville stå overfor. Og han var like overbevist om at dette standpunktet ble delt av Keiser Wilhelm II og av generalstaben i Berlin.
