Selv etter at tyske troppeforsterkninger kom på plass, gikk ikke krigen slik som strategene i Berlin hadde forestilt seg. Hereroenes motstand var til manges overraskelse både sterk og velorganisert, og passet ikke inn i den rasistiske nedvurderingen av afrikanere som ville og udisiplinerte horder. Det var ikke mangel på tyskere som meldte seg frivillig, men de møtte vanskelig terreng der det var dårlig med veier, jernbaner og telegraflinjer. Hestene manglet både vann og fôr, og mange soldater i die Schutztruppe bukket under av tyfus og tropiske sykdommer. For mange tyskere var det frustrerende å oppleve at en europeisk krigsmakt ikke var i stand til å skaffe seg en lettkjøpt seier, og koloniguvernør Theodor Leutwein ble beskyldt for å gå for forsiktig fram. Han var enig i at oppstanden skulle slås ned med alle midler, men han ønsket ikke en krig som ville føre til utrydding av en hel befolkningsgruppe som var viktig som arbeidskraft for tyske bønder.
"Slakter i uniform"
Utover i mai 1904 så keiser Wilhelm II og generalstabens ledelse i Berlin seg om etter en ny leder for kolonitroppene, og valget falt på general Lothar von Trotha. Det var ingen tilfeldighet. Den nye øverstkommanderende var kjent som "en slakter i uniform", og hadde erfaring med å slå ned afrikansk motstand med de mest brutale midler i Tanzania på 1890-tallet. I tillegg hadde han stått i spissen for den tyske brigaden som sluttet seg til styrker fra bl.a. Storbritannia, Frankrike og USA i forbindelse med "bokseroppstanden" i Kina i 1900/01. Den sivile koloniadministrasjonen og Utenriksdepartementet i Berlin ble skjøvet til side, nå var det generalene og en krigsbegeistret keiser som førte ordet.
