Selv om Røde Khmer først og fremst så på seg selv som kommunister, var rasisme en vel så viktig ingrediens i deres ideologi. Mye av denne rasismen, særlig den som var rettet mot vietnameserne, går mye lengre tilbake enn Røde Khmers styre. Selv om de fleste som døde under Pol Pots styre var etniske khmer, var forfølgelsen av de etniske minoritetene langt mer systematisk.
Vietnamesere og kinesere
Da Røde Khmer kom til makten, bodde det flere hundre tusen kinesere og vietnamesere i Kambodsja. Mange av disse bodde i byene der de drev handelsvirksomhet. I og med at Røde Khmer ville utslette byene og avskaffe penger og handel, ble alle kinesere og vietnamesere automatisk stemplet som fiender av Khmer-folket.
Vietnamesere ble først forfulgt og utvist av Lon Nols militærregime i perioden 1970 - 75. Dette regimet var alliert med USA, og vietnamesere ble sett på som spioner for kommunistene i Vietnam. Da Røde Khmer kom til makten i 1975, fortsatte de forfølgelsen av alle vietnamesere. I starten kastet de vietnamesere ut av Kambodsja. Senere ble det forbudt for vietnamesere å forlate landet, og Røde Khmer gikk inn for å drepe dem istedenfor. Forfølgelsen førte til at det knapt var vietnamesere igjen i landet i 1979. Omtrent 450.000 vietnamesere var enten drept, kastet ut eller hadde flyktet mellom 1970 og 1979. Forfølgelsen av vietnameserne i Kambodsja minner på mange måter om jødeforfølgelsene i Tyskland.
Kinesere ble også utsatt for systematisk forfølgelse. Av de rundt 400.000 kineserne som bodde i Kambodsja i 1975, ble omtrent halvparten utryddet.
Muslimer
Cham-folket er sunnimuslimer. De ble diskriminert av Røde Khmer allerede fra 1972. De tradisjonelle draktene til Cham-folket ble forbudt, og flere steder ble kvinnene tvunget til å klippe håret. Røde Khmer ville utviske forskjellene mellom menn og kvinner, og mellom ulike folkegrupper. I løpet av perioden 1973 - 74 ble hele Cham-folket tvangsflyttet fra en del av landet til en annen. Resultatet var matmangel og sult.
I juni 1975 ble flere religiøse ledere drept. Måneden etter forbød myndighetene Koranen. Da forsøkte Cham-folket å gjøre opprør. Røde Khmer slo brutalt tilbake. Mange mennesker ble drept, hjemmene deres ble plyndret, og flere landsbyer ble lagt øde.
Cham-folket ble tvunget til å delta i fellesmåltidene og til å spise svin. Svinekjøtt er forbudt ifølge islam. De som nektet å spise det, ble skutt.
Fra 1978 startet Røde Khmer en kampanje for å drepe Cham-folket. Omtrent 1/3 av Cham-befolkningen døde under Røde Khmers styre. Halvparten sultet i hjel, mens den andre halvparten ble henrettet.
Thailendere og lao (folk fra Laos)
I perioden 1974 - 75 ble thailendere utvist fra de områdene i Kambodsja som grenser mot Thailand. Vi vet lite om hva som skjedde med dem.
Folk fra Laos ble regnet som «nye folk» og flyttet flere ganger. Språket deres ble forbudt. Omkring 40 % av folkegruppen på 10 000 personer ble utryddet mellom 1975 og 1979.
