Da utrenskingene innad i Røde Khmer tiltok i 1977 og 1978, førte dette til opprør blant partigrupper øst i Kambodsja. Opprøret førte til en kortvarig borgerkrig våren 1978. Opprørerne tapte, lederne i Røde Khmer gjenvant kontrollen over området, og alle innbyggerne der ble dømt til døden.
Stemplingen av alle innbyggerne i øst som «vietnamesiske spioner» førte til store massakre. Røde Khmer dro fra landsby til landsby og utryddet alle. Mellom 100.000 og 250.000 mennesker ble drept i løpet av noen måneder.
Paranoiaen og utrenskingen i Røde Khmer førte til at partiet ble ødelagt innenfra. All tillit opphørte fordi alle risikerte å bli neste offer. Mange flyktet til Vietnam. Sammen med krigføringen mot Vietnam over grenseområder, var det denne vanvittige utrenskingspolitikken som til slutt ble regimets undergang. Avhopperne til Vietnam og den vietnamesiske hæren invaderte Kambodsja i desember 1978.
