Andre krigsforbrytelser

Mot slutten av sommeren 1992 okkuperte bosnisk-kroatiske styrker flere områder i Bosnia. Styrkene besto av soldater hjulpet av andre militsgrupper.

Landsbyen Ahmići ble angrepet i april 1993. De kroatiske styrkene brente husene som tilhørte bosnjaker og drepte omkring hundre av dem. De satte også opp flere konsentrasjonsleire hvor bosnjaker ble brukt som slavearbeidere.

Mostar i Hercegovina var en av byene som ble rammet av kroatenes angrep. Mellom mai 1993 og januar 1994 ble tusenvis av bosnjaker utvist fra byen. De kroatiske styrkene ødela også byens landemerke: Stari Most, en flott bro bygget på 1500-tallet under det osmanske riket. Denne broen var et symbol på ulike kulturer som møttes i Bosnia. Broen ble bygget opp igjen i 2004.

Fra mai til august 1995 gjenerobret kroatiske styrker områdene som var tatt av serbere. Denne offensiven ble kalt Operasjon Storm. Samtidig jaget styrkene serbere fra hjemmene sine. Omkring 200 000 serbere ble jaget på flukt. Flere kroatiske militære ledere, blant annet general Ante Gotovina, har blitt tiltalt for krigsforbrytelser under denne aksjonen.

Bosnjakiske forbrytelser
Bosnjaker har også blitt dømt for krigsforbrytelser under krigen. Selv om det var færre tilfeller fra bosnjakisk side, ble områder med både serbere og kroater ofre for fordrivelser og drap. Bosnjakiske motstandsstyrker angrep blant annet områder rundt Srebrenica i 1992 - 93, hvor serbiske sivile ble jaget vekk og drept. Det finnes bevis for at bosnjaker brente ned hus og drepte noen av sine fiender også i andre områder av Bosnia. Militære ledere, blant andre Naser Orić, ble i ettertid dømt for ikke å ha hindret dette, og for at ødeleggelsene og drapene «gikk utover det som var militært nødvendig», i følge krigsforbryterdomstolen for det tidligere Jugoslavia.