I juni 1991 erklærte Slovenia seg som selvstendig stat. Det bodde ikke så mange serbere i Slovenia, derfor var ikke landet så viktig for Serbia. Etter en kort konflikt fikk derfor Slovenia være i fred.
Slovenias løsrivelse førte til endringer i den jugoslaviske hæren. Den var kontrollert av Serbia, men soldatene hadde tilhørt flere av folkegruppene i landet. Nå ville lederne at det skulle være en rent serbisk hær som kunne forsvare serbiske interesser.
Kroatia ønsket også selvstendighet, men Milosević ville ikke gå med på det. I taler til serberne minnet han om hva Ustasja hadde gjort under 2. verdenskrig. De hadde forsøkt å rydde Kroatia for serbere, ved å utvise eller å drepe dem. Milosević mente at det samme kunne skje igjen. Serberne som bodde i Kroatia var i fare, ifølge ham.
Franjo Tuđman i Kroatia
Nasjonalisten Franjo Tuđman stod fram som lederen for kroatene. Han var både historiker og politiker. I bøker og taler argumenterte han for en kroatisk stat omtrent som den Ustasja hadde styrt over under 2. verdenskrig. Noen tidligere Ustasja-medlemmer fikk også høye posisjoner i administrasjonen mot å støtte Tuđmans parti. Tuđman hevdet også at muslimene i Bosnia og Hercegovina planla hellig krig, noe som var en trussel mot det katolske Kroatia. Deler av den katolske kirken støttet opp om hans politikk.
93% av kroatene stemte for selvstendighet fra Jugoslavia i 1991. I 1990-1991 flyktet ca. 100 000 serbere fra Kroatia.
Kroatiske serbere løsriver seg
I løpet av 1991 fikk kroatiske serbere kontroll over nesten en tredjedel av Kroatia. De ville skaffe mer plass for serbere og beskytte seg mot kroatene, og opprettet en egen serbisk republikk i Krajina. Derfor angrep de kroatiske sivile og jaget dem vekk. Serberne selv kalte dette «rensing av land». Slik etnisk rensing ble typisk for krigene som fulgte.
Kamper i Vukovar
De kraftigste kampene skjedde i byen Vukovar, lengst øst i Kroatia. Mellom august og november 1991 ble byen bombet av serbiske styrker. Da serberne fikk kontroll over byen, var det bare ruiner igjen. På sykehuset fant serberne minst 264 kroater. De fleste ble transportert ut av byen og myrdet, mens noen få overlevde. Dette er den første dokumenterte krigsforbrytelsen i krigene som fulgte oppløsningen av Jugoslavia.
Jaget på flukt
Flere hundre tusen kroater var jaget på flukt i løpet av desember 1991. De serbiske soldatene ødela private hjem, kontorer og kulturelle minnesmerker. Kroatene hevnet seg ved å ødelegge serbiske hjem og eiendommer som lå i kroatisk-kontrollerte områder.
I 1992 sendte FN en fredsbevarende styrke til området. Den besto av 14 000 soldater, men klarte verken å avvæpne opprørerne eller å sørge for at flyktningene kunne vende tilbake til hjemmene sine.
Serbiske styrker kontrollerte områdene i Kroatia fram til august 1995, da kroatene gjenvant kontrollen gjennom en voldsom offensiv kalt Operasjon Storm. Bosnjakiske styrker deltok også i offensiven. Rundt 200 000 serbere ble fordrevet, og mange ble også drept.
