Hele Balkan ble lagt under Romerriket i århundrene rundt Kristi fødsel. Romerriket ble delt i en vestlig og en østlig del i år 395 (Bysants). Delingen ble i år 1054 et markert skille mellom romersk-katolsk og ortodoks kristendom.
De slaviske folkegruppene slo seg ned på Balkan fra det 6. århundre. De fleste vi i dag kaller kroater og slovenere kom etter hvert under den romersk-katolske kirken, mens de fleste serberne kom under den ortodokse kirken. I Bosnia eksisterte det også et eget kirkesamfunn i middelalderen, men forskerne er uenige om dets tilknytning. Skillet mellom katolsk og ortodoks kristendom førte også til at den kulturelle påvirkningen gikk i ulike retninger.
I løpet av middelalderen ble det dannet selvstendige kongeriker i områdene som i dag utgjør Serbia, Kroatia, Bosnia og Slovenia.
Det osmanske rike
På 1500-tallet styrte tyrkere over store deler av Balkan. Tyrkernes imperium var grunnlagt av kalif Osman. Derfor har det fått navnet Det osmanske rike. Det osmanske rike var muslimsk, og i Bosnia og Albania gikk en del over til islam. Det var imidlertid mange som også beholdt kristendom som sin religion. De tyrkiske herskerne utøvde en viss grad av religionsfrihet, selv om det også kunne medføre økonomiske og sosiale fordeler å vende seg til islam.
Slaget på Kosovosletten
Osmanernes inntog på Balkan er også en sentral del av serbisk historie, men da som et symbol på nasjonens skjebne. Slaget på Kosovosletten i 1389 stod mellom en allianse av de kristne, balkanske nasjonene under ledelse av den serbiske fyrst Lazar, og de osmanske tyrkerne. Fyrst Lazars hær ble slått, men også den osmanske sultanen falt i slaget. I ettertid ble legendene om fyrst Lazars martyrhandling, som hadde ofret sitt jordiske liv og valgt det himmelske riket, et symbol på «det himmelske Serbia». Historien om fyrst Lazars skjebne i Kosovo har stått sentralt for utviklingen av serbisk identitet, men også i den ekstreme nasjonalismen som fikk spillerom forut for oppløsningen av Jugoslavia og under Kosovokrigen i 1999. Historien og betydningen av Kosovo som «nasjonens vugge» var også sentral i forbindelse med Kosovos løsrivelse fra Serbia i 2008.
Under det habsburgske riket
Områdene lengst vest og nord på Balkan ble en del av det habsburgske riket, senere Østerrike-Ungarn, fram mot 1. verdenskrig. Habsburgerne var av østerriksk kongeslekt og var kristne katolikker. Folkegruppene i disse områdene ble også påvirket av de kulturelle strømningene som fulgte med Habsburgernes styre, der den karakteristiske «Wienerkulturen» stod sterkt.
Det første Jugoslavia
Etter 1. verdenskrig ble serbere, kroater og slovenere samlet i en stat, med Aleksander som konge. Han var den første som kalte landet for Jugoslavia, som ble en flernasjonal stat. Men serberne og kroatene var uenige om hvem som skulle ha mest makt. Mange ville ha en stat for hver folkegruppe. Dette kaller vi nasjonalisme.